Ta technique me semble bien compliquée, effectivement, un crayon bleu ou rouge suffit (ou les deux si vraiment tu y tiens !)
Il m'a bien semblé en regardant tes dessins que ton "line" (tracé final) était parfois maltraité, jouer sur la luminosité et le contraste de manière trop insistante créer ce rendu sur ton tracé.
Je te conseille de retirer les autres couleurs en utilisant le calque des "couches" (4 ou 5 selon si tu es en RVB ou en CMJN) tu retire la couche de bleu (et de rouge si vraiment vraiment tu tiens à tes deux couleurs de construction), ou toutes les couches en conservant uniquement la noire, ton trait au crayon (ou feutre) sera bien visible et seul sur ton fichier. De là, les réglages de luminosité et de contraste peuvent être fait.
N'oublie pas de modifier le mode de couleurs de ton fichier "line" (bascule en noir et blanc) et de le re basculer ensuite en CMJN ou RVB.
Enregistre et là tu peux commencer la colo !!
En tout cas moi je procède comme cela, parfois j'utilise ma table lumineuse (fait avoir les moyens du bords) ça me permet de conserver le crayonné
J'espère que ma réponse est claire et que je t'ai un peu aidé :-/
Bon encrage à toi !